Nikodémus már bízott az Úrban, mégis csak titkos tanítvány volt. A sátoros ünnepet megelőző napok alatt az Úr Jeruzsálem városában tartózkodott. Az egyszerű emberek zavarban voltak, hogy vajon Ő-e "a próféta", vagy talán "a Krisztus". A Szanhedrin, figyelembe véve a növekvő érdeklődést, elküldte a templomőrséget, hogy tartóztassák le. Azok üres kézzel tértek vissza, és bizonyságot tettek, hogy "soha ember úgy nem beszélt, mint ez az ember", ami feletteseiket ingerültté tette. Úgy látszik, a katonákat lenyűgözte az Ő tanításának ellenállhatatlan természete. A farizeusok szigorúan megfeddték a tiszteket, és azt mondták nekik, hogy olyanok, mint a közönséges utcanép, amelyet megtévesztettek. Emlékeztették őket erőszakosan, hogy a farizeusok, vagy vezetők közül senki sem hitt benne. Volt azonban - feltehetően számukra ismeretlenül - legalább egy, Nikodémus.
Ez a hamis érvelés arra ösztönözte Nikodémust, hogy nyilvánosan felszólaljon az Úr mellett. Azt mondta, hogy nem szabad Jézust elítélni a Szanhedrinben történő megfelelő meghallgatás nélkül. Kollégái ellene fordultak, kicsúfolva, mint elfogult galileait, aki valószínűleg ezért támogatja Jézust. Galileából nem származhat próféta, mondták, szépen megfeledkezve Illésről. Azt a tényt is semmibe vették, hogy Jézus Júdeából származott. A gyűlés zűrzavarba fulladt.
Később, amikor a Szanhedrin egyhangúlag elítélte az Urat, Nikodémus valószínűleg nem volt jelen - noha lehet, hogy ott kellett volna lennie!
Később látjuk, hogy előtérbe lép a keresztre feszítés után, mint arimátiai József társa és segítője. Korábbi titoktartásuk mindkettőjük számára majdnem lerombolta tanítványságukat, most azonban nyílt tanítványságuk rombolta le titoktartásukat. Szerető és gyengéd kezekkel kihúzták a szegeket, és óvatosan leemelték testét a keresztről. Az éjszaka közeledése miatt gyorsan becsavarták a testet gyolcsokba, miközben mirhával és aloéval kenték be, amelyeket Nikodémus vitt. Aztán befektették a testét József új sírboltjába, egy követ hengerítettek az ajtó elé, és eltávoztak. Végül tehát Nikodémus kiállt az Úrért. Mi változtatta meg? Nem kétséges, hogy ez az Úr meglátása volt a kereszten - "ez teszi a gyáva szellemet merésszé, és erőt önt az erőtlen karba a harchoz". Mi is bátran álljunk ki Őmellette!